Francisco de Javier nació en el castillo de Javier ubicado en lo que en la actualidad es la localidad de Javier, Navarra, norte de España, el 7 de abril de 1506 en el seno de una familia noble.
En septiembre de 1528 fue a estudiar a París, donde conoció al que sería su mejor amigo, Íñigo de Loyola, posteriormente san Ignacio de Loyola, fue allí donde con otros cinco compañeros se constituye lo que sería el embrión de la Compañía de Jesús. El 15 de agosto de 1534, una vez finalizados los estudios, juran votos de caridad y castidad, a la vez que prometen viajar a Tierra Santa, en la Cripta del Martirio de Montmartre.
En 1537 se reúne con Ignacio de Loyola para viajar a Italia. En Roma visitan al Papa Paulo III para pedirle su bendición antes de emprender el viaje a Tierra Santa, viaje que no se iba a poder realizar por haber entrado en guerra Venecia con Turquía. Llegan a Venecia y es ordenado sacerdote el 24 de junio. Durante su estancia en Venecia, mientras esperaban el barco para ir a Tierra Santa, se dedica junto a sus compañeros a predicar por los alrededores. Ante la tardanza del viaje, vuelven a Roma y se ofrecen al Papa para ser enviados a cualquier otro lado. De allí parte hacia Lisboa en 1540, donde comenzará la etapa más importante de su vida: la de misionero. El viaje a Portugal se debió a la solicitud del embajador portugués en Roma, Pedro de Mascarenhas, que pidió en nombre de Juan III de Portugal a Ignacio de Loyola algunos hombres suyos para enviarlos a las Indias Orientales. Para ese viaje, Francisco fue nombrado por el papa legado suyo en las tierras del Mar Rojo, del Golfo Pérsico y de Oceanía, a uno y otro lado del Ganges.
El 7 de abril de 1541, día que cumplía 35 años, sale la expedición y llega el 22 de septiembre a Mozambique. Allí se queda hasta febrero del año siguiente. En esa estancia ayuda en el hospital y percibe la realidad del trato que se da a los negros, lo cual le lleva a tener los primeros enfrentamientos.
En octubre de 1542 marcha para las islas de la Pesquería, en la costa de Goa, donde permaneció más de un año. Evangeliza a los indios Paravas y recorre las ciudades de Tuticorrín, Trichendur, Manapar y Combuture. Encontró la oposición de los brahmanes, que habitaban las pagodas de la región.
Aprendió tamil y tradujo a esa lengua parte de los textos cristianos y una plática sobre el cielo y el infierno.
El domingo de Ramos de 1549 parte para Japón, junto a sus compañeros Cosme de Torres y Juan Fernández y el traductor Anjirō. Llega a tierras niponas el 15 de agosto.
Permaneció en tierras japonesas durante dos años y tres meses.
Francisco Javier se enfermó de pulmonía y el 3 de diciembre de 1552, muere cuando contaba 46 años de edad.
